Le 3 juillet 1947, Mac Brazel, propriétaire d'un ranch près de Roswell, découvre des débris sur ses terres, et prévient la base militaire la plus proche. Un jeune militaire du Roswell Army Air Field (RAAF) fait alors un premier communiqué de presse, où il annonce qu'ils ont découvert une soucoupe volante (« flying disc ») écrasée près d'un ranch à Roswell, déclenchant un fort intérêt de la part des médias. L' « observation » originelle du phénomène OVNI, celle de Kenneth Arnold, ayant eu lieu un mois plus tôt et ayant eu un écho important dans la presse, les soucoupes volantes étaient dans l'esprit de tous, y compris des jeunes militaires. Le lendemain, le commandement général de la base publie un rectificatif, annonçant que la soucoupe volante était seulement un ballon-sonde. Une conférence de presse est organisée dans la foulée, exposant aux journalistes des débris provenant de l'objet crashé et confirmant la thèse du ballon. L'affaire tombe alors dans l'oubli pendant une trentaine d'années, même parmi les chercheurs d'OVNI.
Mais en 1978, le major Jesse Marcel, impliqué dans la récupération des débris de 1947, déclare à la télévision que ceux-ci étaient sûrement d'origine extraterrestre et que les débris que le général Ramey (responsable de la base) a montrés aux journalistes ne sont pas ceux que Marcel lui a apportés de Roswell. Il fit part de sa conviction selon laquelle les militaires avaient en réalité caché la découverte d'un vaisseau spatial à l'ufologue Stanton T. Friedman. Son histoire circula parmi les amateurs d'OVNI, figurant même dans des revues d'ufologie. En février 1980, le National Enquirer conduisit sa propre interview du major Marcel, attirant l'attention mondialement sur l'incident de Roswell. D'autres témoins et rapports sortirent de l'ombre au fil du temps, ajoutant de nouveaux détails à l'histoire. Par exemple, une grande opération militaire se serait déroulée à l'époque, visant à retrouver des morceaux d'épave, ou encore des aliens, sur pas moins de 11 sites, ou encore des témoignages d'intimidation sur des témoins. En 1989, un entrepreneur de pompes funèbres à la retraite, Glenn Dennis, affirma que des autopsies d'extra-terrestres étaient conduites dans la base de Roswell. En 1991, le général Du Bose, chef d'état-major du général Ramey en 1947, confirme que ce dernier a substitué aux débris transmis par la base de Roswell ceux d'un ballon météo, qu'il a montrés aux journalistes.
En réponse à ces nouveaux élements, et après une enquête du Congrès des États-Unis, le Government Accountability Office (organisation de surveillance appartenant au Congrès) demanda à l'Air Force de conduire une enquête interne. Le résultat de cette enquête fut résumé en deux rapports. Le premier, paru en 1995, conclut que les débris retrouvés en 1947 provenaient bien d'un programme gouvernemental secret appelé Projet Mogul. Le second, paru en 1997, conclut que les témoignages concernant la récupération de cadavres extraterrestres provenaient vraisemblablement de rapports détournés d'accidents militaires impliquant des blessés et des morts, ou encore de la récupération de mannequins anthropomorphiques lors de programmes militaires tels que l'opération High Dive, menés autour des années 1950. Ce rapport indique néanmoins que le débat sur ce qui est réellement tombé à Roswell continue et précise que tous les documents administratifs de la base pour la période mars 1945-décembre 1949 ont été détruits, et tous les messages radio envoyés par la base d'octobre 1946 à février 1949 ont été détruits. Le bordereau de destruction ne mentionne pas quand, par qui, et sur l'ordre de qui cette destruction a été effectuée. Ces rapports ont été rejetés par les partisans de la théorie extraterrestre, criant à la désinformation, bien qu'un nombre significatif d'ufologues s'accordent alors sur une diminution de la probabilité qu'un vaisseau alien soit en fait impliqué.Le mystère Roswell reste entièrement partagé.
